【2025年】二世帯住宅で使える補助金はありますか？疑問に回答│東京で使える補助金の条件を詳しく解説

「二世帯住宅を建てる際に使える補助金はありますか？」
こうした質問を頂くことがあります。

本記事では、二世帯住宅を建てる際に利用できる補助金について分かりやすく解説します。

二世帯住宅は親世帯と子世帯が一緒に暮らす住まいですが、設備などの設置個数が増える分だけ建築費用も高くなりがちです。

国や自治体が提供する補助金や税制優遇制度を活用して、経済的な余裕を確保しながら二世帯が暮らす住まいを実現しましょう。

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「二世帯住宅」とは？補助金利用で重要な定義を確認

二世帯住宅とは、親世帯と子世帯が同じ建物に居住する住まいを指します。

また、二世帯住宅は生活空間の分け方によって次の3種類に分類されます。

関連記事：二世帯住宅のタイプ別│母一人と一緒に住む間取りを考える

補助金を申請する際には、「1戸」として取り扱われるか「2戸」として取り扱われるのかによって、補助金額に差が生まれます。

たとえば子育てグリーン住宅支援事業では、以下のとおり記載があります。

内部の構造が世帯間を行き来できるのであれば1戸の戸建住宅、内部で世帯間の行き来ができず、外階段でしか行き来できない等、独立性が高い場合は２戸の共同住宅として扱います。

引用：国土交通省・環境省　子育てグリーン住宅支援事業

補助金を活用して二世帯住宅を建てる場合は、依頼を予定しているハウスメーカーや自治体への確認が欠かせません。

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二世帯住宅で使える補助金【国の運営事業】

国が実施する住宅関連の補助金制度は、二世帯住宅にも適用されるものが複数あります。

新築時の補助だけでなく、既存住宅のリフォームに使える支援策もありますので、積極的に活用して実質的な建築費用を抑えましょう。

子育てグリーン住宅支援事業

省エネ性能の高い住宅を新築する、主に子育て世帯や若者夫婦世帯を対象に、国が補助金を支給する制度です。

本制度の主な概要は、以下のとおりです。

• 対象世帯：全ての世帯（長期優良住宅、ZEH水準住宅への補助金は子育て世帯、若者夫婦世帯のみ）
• 対象住宅：高い断熱性能や再生可能エネルギーを導入した家
• 補助額の目安：最大160万円（仕様や立地条件により増減あり）
• 申請期限：申請受付開始～2025年12月31日まで

引用：国土交通省・環境省　子育てグリーン住宅支援事業

戸建住宅ZEH化等支援事業

ZEH（ネット・ゼロ・エネルギー・ハウス）基準を満たす住宅に対して支援を受けられる制度です。

蓄電システムの導入など、一定の条件によって加算措置を受けることが可能です。

• 対象世帯：全ての世帯
• 対象住宅：ZEH基準など一定の基準を満たす住宅
• 補助額の目安：55万円（ZEH仕様の場合。上位仕様や設備による加算措置あり）
• 申請タイミング：複数回公募期間あり

引用：環境共創イニシアチブ　戸建住宅ZEH化等支援事業

各種リフォームに関連する事業

既存の住宅を二世帯住宅へ改修する場合や、二世帯で快適に暮らすための設備改善、性能向上工事にも様々なリフォーム補助金を活用できます。

対象となるのは、省エネ、バリアフリー、長寿命化といった目的の工事で、補助金によって対象が異なります。

• 長期優良住宅化リフォーム推進事業
• 先進的窓リノベ2025事業
• 給湯省エネ2025事業　など

二世帯住宅で使える補助金【自治体の運営事業】

国の制度とは別に、各市区町村が独自に行っている補助金制度も存在します。

新築やリフォーム、移住支援など多様な目的で運用されていて、二世帯住宅にも活用できるケースがありますので、お住まいの地域の制度を必ず確認しましょう。

市区町村が運用する新築を対象とする補助金

自治体によっては、一定の条件を満たす新築住宅に対して独自の補助金を交付しています。

省エネ性能や子育て支援といった視点から設計された制度で、二世帯住宅も対象になるケースがあります。

例として、東京23区内で実施されている制度をご紹介します。

東京都：東京ゼロエミ住宅補助金（一定水準を満たすことで最大240万円など）

参考：東京都　東京ゼロエミ住宅補助金

江東区：地球温暖化防止設備導入助成制度（太陽光発電システム 上限20万円など）

参考：江東区　地球温暖化防止設備導入助成

葛飾区：かつしかエコ助成金（高断熱住宅 等級に応じて30～80万円など）

参考：葛飾区　令和7年度　《個人住宅用》かつしかエコ助成金のご案内

このように、二世帯住宅でも、通常の戸建て住宅と同様に補助金の交付を受けながら新築することは可能です。

多世帯同居や移住支援の制度にも注目

二世帯住宅の建築を通じて、多世帯同居や地元回帰を促す目的で補助制度を設けている自治体もあります。

親世帯との同居やUターン、Iターンを希望する子世帯にとっては、こうした支援策も有効です。

新宿区：多世代近居同居助成（引っ越し代や登記費用など最大20万円）

参考：新宿区　多世代近居同居助成

世田谷区：多世代近居・同居推進助成事業（引っ越し代や登記費用など最大30万円）

参考：世田谷区　多世代近居・同居推進助成事業

二世帯住宅で使える税金の軽減・控除等

【江東区】ホームエレベーター付きで上下階を楽に移動する二世帯住宅の事例＞＞＞

補助金だけでなく、税金の軽減や控除制度も二世帯住宅の建築、購入時には見逃せません。

なお、構造や登記の内容によっては、1戸ではなく「2戸」として扱われ、控除額が増えるケースもあります。
制度の仕組みを事前に確認しておきましょう。

住宅ローン控除（控除対象が2戸に分かれるケース）

住宅ローン控除は、住宅ローンの年末残高に応じて所得税が控除される制度で、控除を受けられる単位は「世帯」です。

完全分離型の二世帯住宅で「2戸」として登記されていれば、親世帯・子世帯それぞれで控除を受けられる可能性があります。

設計や登記の内容が制度の規定を満たしているのか、事前に依頼先の住宅会社と相談することをおすすめします。

参考：国土交通省　住宅ローン減税

不動産取得税・固定資産税の軽減

不動産取得税と固定資産税には、新築住宅を対象とした軽減措置があります。

取得税については、一定の床面積や構造基準を満たせば課税標準額から控除され、税額が軽減されます。
固定資産税は、新築後3年間（3階建て以上の耐火・準耐火建築物は5年間）、一定面積まで税額が半額に減額されます。

二世帯住宅が登記上「2戸」とされている場合は、それぞれの戸ごとに軽減が適用される可能性もあるため、事前に都道府県税事務所などで確認しましょう。

参考：東京都　不動産取得税・固定資産税等の軽減制度

登録免許税の軽減

登録免許税の軽減とは、不動産の所有権を登記する際にかかる税金で、新築住宅を取得した場合、一定の条件を満たすことで税率が軽減される制度です。

たとえば、一般的な新築住宅なら0.15％（通常0.4％）まで軽減されます。

二世帯住宅であっても、完全分離型で2戸と認定されていれば、それぞれに軽減が適用される可能性がありますので、設計の際に適用条件をハウスメーカーに確認しておくと安心です。

参考：財務省　登録免許税に関する資料

二世帯住宅の補助金、よくある質問（Q&A）

【川崎市】玄関1つ、変形敷地を上手に活かした二世帯3階建ての事例＞＞＞

二世帯住宅に関する補助金制度や税制優遇には、細かい条件や例外も多く、「この条件は対象になりますか？」と悩む方も多いものです。

記事の終わりに、よくある質問について分かりやすくお答えします。

Q.二世帯住宅で利用する注意点はありますか？

A.「1戸」か「2戸」かで補助や減税の扱いが変わります。

多くの補助金や減税制度では、制度の適用単位が「戸数」です。

完全分離型であれば2戸とみなされるケースが多く、親子それぞれが制度を利用できる可能性がありますが、共用部分が多いと1戸扱いになることもありますので、設計の段階でハウスメーカーや関係機関に利用の可否を確認しましょう。

Q.親世帯が年金暮らしでも補助金は使えますか？

A. 年金収入のみでも、制度によっては利用可能です。

補助金の多くは「世帯年収」や「住宅性能」が条件となっており、年金暮らしであっても要件を満たせば利用できます。

逆に高齢者のみを対象とした補助金が用意されている可能性もありますので、建築する予定の自治体に問い合わせることをおすすめします。

Q.二世帯住宅で補助金と減税は併用できますか？

A. 併用できる制度は多く、計画的に組み合わせが可能です。

たとえば「子育てグリーン住宅支援事業」と「住宅ローン控除」は併用可能で、さらに地方自治体の補助金も重ねて使えるケースがあります。

ただし、同一工事に対して重複補助が認められないケースもありますので、事前に各制度の併用可否を確認しハウスメーカーなどと連携して進めると安心です。

まとめ│二世帯住宅はクレバリーホーム東京へ

【世田谷市】一体的で広々した間取りを持つ完全分離2階建て二世帯住宅の事例＞＞＞

二世帯住宅は、家族の絆を深めながら将来の暮らしにも備えられる住まいです。

設備などが増えることから建築費用が高くなりがちですが、補助金や税制優遇を上手に活用すれば不要負担を大きく軽減できます。

ただし、制度の適用には細かな条件があるため、早い段階で専門家に相談すると安心です。

クレバリーホーム東京では、二世帯住宅に強い設計、提案力で、理想の暮らしを丁寧に提案致します。

補助金や減税制度の利用を前提とした設計にも対応していますので、活用した住まいづくりをお考えの方は、ぜひ一度ご相談ください。